Creada en 2006, la Fundación FIASEP surge como respuesta a la necesidad, planteada en los Congresos Nacionales de Auditoría Pública de 2004 y 2006, de un centro estable especializado en la promoción de la auditoría en el sector público y que se preocupara por la mejora de la formación y los procedimientos de trabajo de los auditores que actúan en este ámbito.

La Fundación fue paulatinamente creciendo hasta constituirse en la actualidad en el marco de referencia de la auditoría del sector público en España.